Metagenome Family F065862

Basic Information
Family ID	F065862
Family Type	Metagenome
Number of Sequences	127
Average Sequence Length	289 residues
Representative Sequence	LTVSDRFTPAAFEIESVNNTVSDRFTPAAFEIESVKLTVSDRFTPAVFDIESVNNTVSDRFTPAVFEIESVNNTVSDRFTPAVFDIESVNNTVSDRFTPAVFDIESVNDTDSDRFTGAVFEIESVNDTDSVRFTGAVFEIESVNDTDSVRFTGAVFEIESVNDTDSVRFTGAVFDIESVNNTVSDRFTPAVFEIESVNDTDSDRFTGAVFEIESVKLTVSDRFTPAAFEIESVNNTVSDRFTPAAFDIESVNNTVSDRFTPAVFEIESVNDTDSDRFTG
Number of Associated Samples	35
Number of Associated Scaffolds	127

Quality Assessment
Transcriptomic Evidence	No
Most common taxonomic group	Unclassified
% of genes with valid RBS motifs	0.00 %
% of genes near scaffold ends (potentially truncated)	99.21 %
% of genes from short scaffolds (< 2000 bps)	99.21 %
Associated GOLD sequencing projects	31
AlphaFold2 3D model prediction	Yes
3D model pTM-score	0.72

Most Common Taxonomy
Group	Unclassified (92.913 % of family members)
NCBI Taxonomy ID	N/A
Taxonomy	N/A

Most Common Ecosystem
GOLD Ecosystem	Environmental → Aquatic → Marine → Oceanic → Unclassified → Marine (53.543 % of family members)
Environment Ontology (ENVO)	Unclassified (99.213 % of family members)
Earth Microbiome Project Ontology (EMPO)	Unclassified (49.606 % of family members)

Full Alignment
Alignment of all the sequences in the family.

Powered by MSAViewer

Seed Alignment
Alignment of a non-redundant set of sequences, used to build the family's HMM profile.

Powered by MSAViewer

AlphaFold2 Input Alignment
Refined alignment used as input for AlphaFold2.

Powered by MSAViewer

Predicted Topology & Secondary Structure
Classification:	Mixed	Signal Peptide:	No	Secondary Structure distribution:	α-helix: 0.00% β-sheet: 77.20% Coil/Unstructured: 22.80%
Feature Viewer

Powered by Feature Viewer

SCOP family	SCOP domain	Representative PDB	TM-score
b.80.1.7: Pectin lyase-like	d1daba_	1dab	0.84
b.80.1.6: Pectin lyase-like	d2vfna_	2vfn	0.75
b.80.1.0: Pectin lyase-like	d3riqa_	3riq	0.75
b.80.1.4: Pectin lyase-like	d7o78a_	7o78	0.73
b.80.1.3: Pectin lyase-like	d1rmga_	1rmg	0.67

Phylogeny

NCBI Taxonomy

Select NCBI taxonomy Level:

Name	Rank	Taxonomy	Distribution
Unclassified	root	N/A	92.91 %
All Organisms	root	All Organisms	7.09 %

Name	Rank	Taxonomy	Distribution
Unclassified	root	N/A	92.91 %
cellular organisms	root	All Organisms → cellular organisms	7.09 %

Name	Rank	Taxonomy	Distribution
Unclassified	root	N/A	92.91 %
Bacteria	superkingdom	All Organisms → cellular organisms → Bacteria	7.09 %

Name	Rank	Taxonomy	Distribution
Unclassified	root	N/A	92.91 %
Terrabacteria group	clade	All Organisms → cellular organisms → Bacteria → Terrabacteria group	6.30 %

Name	Rank	Taxonomy	Distribution
Unclassified	root	N/A	92.91 %
Firmicutes	phylum	All Organisms → cellular organisms → Bacteria → Terrabacteria group → Firmicutes	6.30 %

Name	Rank	Taxonomy	Distribution
Unclassified	root	N/A	92.91 %
Bacilli	class	All Organisms → cellular organisms → Bacteria → Terrabacteria group → Firmicutes → Bacilli	6.30 %

Name	Rank	Taxonomy	Distribution
Unclassified	root	N/A	92.91 %
Lactobacillales	order	All Organisms → cellular organisms → Bacteria → Terrabacteria group → Firmicutes → Bacilli → Lactobacillales	6.30 %

Name	Rank	Taxonomy	Distribution
Unclassified	root	N/A	92.91 %
Streptococcaceae	family	All Organisms → cellular organisms → Bacteria → Terrabacteria group → Firmicutes → Bacilli → Lactobacillales → Streptococcaceae	6.30 %

Name	Rank	Taxonomy	Distribution
Unclassified	root	N/A	92.91 %
Streptococcus	genus	All Organisms → cellular organisms → Bacteria → Terrabacteria group → Firmicutes → Bacilli → Lactobacillales → Streptococcaceae → Streptococcus	6.30 %

Name	Rank	Taxonomy	Distribution
Unclassified	root	N/A	92.91 %
Streptococcus parasanguinis	species	All Organisms → cellular organisms → Bacteria → Terrabacteria group → Firmicutes → Bacilli → Lactobacillales → Streptococcaceae → Streptococcus → Streptococcus parasanguinis	3.15 %
Streptococcus suis	species	All Organisms → cellular organisms → Bacteria → Terrabacteria group → Firmicutes → Bacilli → Lactobacillales → Streptococcaceae → Streptococcus → Streptococcus suis	1.57 %
Streptococcus agalactiae	species	All Organisms → cellular organisms → Bacteria → Terrabacteria group → Firmicutes → Bacilli → Lactobacillales → Streptococcaceae → Streptococcus → Streptococcus agalactiae	0.79 %
unclassified Streptococcus	no rank	All Organisms → cellular organisms → Bacteria → Terrabacteria group → Firmicutes → Bacilli → Lactobacillales → Streptococcaceae → Streptococcus → unclassified Streptococcus	0.79 %

Name	Rank	Taxonomy	Distribution
Unclassified	root	N/A	92.91 %
Streptococcus parasanguinis	species	All Organisms → cellular organisms → Bacteria → Terrabacteria group → Firmicutes → Bacilli → Lactobacillales → Streptococcaceae → Streptococcus → Streptococcus parasanguinis	3.15 %
Streptococcus suis	species	All Organisms → cellular organisms → Bacteria → Terrabacteria group → Firmicutes → Bacilli → Lactobacillales → Streptococcaceae → Streptococcus → Streptococcus suis	1.57 %
Streptococcus sp. HSISM1	species	All Organisms → cellular organisms → Bacteria → Terrabacteria group → Firmicutes → Bacilli → Lactobacillales → Streptococcaceae → Streptococcus → unclassified Streptococcus → Streptococcus sp. HSISM1	0.79 %
Streptococcus agalactiae	species	All Organisms → cellular organisms → Bacteria → Terrabacteria group → Firmicutes → Bacilli → Lactobacillales → Streptococcaceae → Streptococcus → Streptococcus agalactiae	0.79 %

Visualization

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Associated Scaffolds

Scaffold	Taxonomy	Length	IMG/M Link
3300001781\|Deep_1057733	Not Available	774	Open in IMG/M
3300005953\|Ga0066383_10135781	Not Available	734	Open in IMG/M
3300005953\|Ga0066383_10138771	Not Available	725	Open in IMG/M
3300005969\|Ga0066369_10114386	All Organisms → cellular organisms → Bacteria → Terrabacteria group → Firmicutes → Bacilli → Lactobacillales → Streptococcaceae → Streptococcus → Streptococcus parasanguinis	910	Open in IMG/M
3300005969\|Ga0066369_10125866	Not Available	860	Open in IMG/M
3300005969\|Ga0066369_10140660	Not Available	806	Open in IMG/M
3300005969\|Ga0066369_10155147	Not Available	760	Open in IMG/M
3300006002\|Ga0066368_10147954	All Organisms → cellular organisms → Bacteria → Terrabacteria group → Firmicutes → Bacilli → Lactobacillales → Streptococcaceae → Streptococcus → Streptococcus parasanguinis	804	Open in IMG/M
3300006002\|Ga0066368_10164950	Not Available	757	Open in IMG/M
3300006002\|Ga0066368_10168497	Not Available	748	Open in IMG/M
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3300006019\|Ga0066375_10108329	Not Available	887	Open in IMG/M
3300006019\|Ga0066375_10142432	Not Available	756	Open in IMG/M
3300006304\|Ga0068504_1087510	All Organisms → cellular organisms → Bacteria → Terrabacteria group → Firmicutes → Bacilli → Lactobacillales → Streptococcaceae → Streptococcus → Streptococcus suis	987	Open in IMG/M
3300006316\|Ga0068473_1366471	Not Available	833	Open in IMG/M
3300006330\|Ga0068483_1260589	All Organisms → cellular organisms → Bacteria → Terrabacteria group → Firmicutes → Bacilli → Lactobacillales → Streptococcaceae → Streptococcus → unclassified Streptococcus → Streptococcus sp. HSISM1	780	Open in IMG/M
3300006330\|Ga0068483_1263180	All Organisms → cellular organisms → Bacteria → Terrabacteria group → Firmicutes → Bacilli → Lactobacillales → Streptococcaceae → Streptococcus → Streptococcus parasanguinis	795	Open in IMG/M
3300006331\|Ga0068488_1237166	Not Available	812	Open in IMG/M
3300006338\|Ga0068482_1465371	Not Available	713	Open in IMG/M
3300006340\|Ga0068503_10498117	Not Available	826	Open in IMG/M
3300006346\|Ga0099696_1108247	Not Available	856	Open in IMG/M
3300006346\|Ga0099696_1313672	Not Available	762	Open in IMG/M
3300006347\|Ga0099697_1157922	Not Available	676	Open in IMG/M
3300006347\|Ga0099697_1194840	All Organisms → cellular organisms → Bacteria → Terrabacteria group → Firmicutes → Bacilli → Lactobacillales → Streptococcaceae → Streptococcus → Streptococcus suis	1915	Open in IMG/M
3300006347\|Ga0099697_1200154	Not Available	1061	Open in IMG/M
3300006347\|Ga0099697_1370286	Not Available	779	Open in IMG/M
3300006347\|Ga0099697_1402694	All Organisms → cellular organisms → Bacteria → Terrabacteria group → Firmicutes → Bacilli → Lactobacillales → Streptococcaceae → Streptococcus → Streptococcus agalactiae	772	Open in IMG/M
3300006567\|Ga0099958_1031600	Not Available	1082	Open in IMG/M
3300006567\|Ga0099958_1035429	Not Available	716	Open in IMG/M
3300006567\|Ga0099958_1037763	All Organisms → cellular organisms → Bacteria	1993	Open in IMG/M
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3300007160\|Ga0099959_1139558	All Organisms → cellular organisms → Bacteria → Terrabacteria group → Firmicutes → Bacilli → Lactobacillales → Streptococcaceae → Streptococcus → Streptococcus parasanguinis	858	Open in IMG/M
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3300020434\|Ga0211670_10215534	Not Available	779	Open in IMG/M
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3300025184\|Ga0208832_108649	Not Available	767	Open in IMG/M
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3300031803\|Ga0310120_10226412	Not Available	1013	Open in IMG/M
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3300031803\|Ga0310120_10280878	Not Available	883	Open in IMG/M
3300031803\|Ga0310120_10322931	Not Available	808	Open in IMG/M
3300031803\|Ga0310120_10327378	Not Available	801	Open in IMG/M
3300031803\|Ga0310120_10331950	Not Available	794	Open in IMG/M
3300031803\|Ga0310120_10340681	Not Available	781	Open in IMG/M
3300031804\|Ga0310124_10430575	Not Available	780	Open in IMG/M

Habitat	Taxonomy	Distribution
Environmental	Environmental	100.00%

Habitat	Taxonomy	Distribution
Aquatic	Environmental → Aquatic	100.00%

Habitat	Taxonomy	Distribution
Marine	Environmental → Aquatic → Marine	100.00%

Habitat	Taxonomy	Distribution
Oceanic	Environmental → Aquatic → Marine → Oceanic	98.43%
Unclassified	Environmental → Aquatic → Marine → Unclassified	0.79%
Hydrothermal Vents	Environmental → Aquatic → Marine → Hydrothermal Vents	0.79%

Habitat	Taxonomy	Distribution
Unclassified	Environmental → Aquatic → Marine → Oceanic → Unclassified	80.31%
Photic Zone	Environmental → Aquatic → Marine → Oceanic → Photic Zone	12.60%
Aphotic Zone	Environmental → Aquatic → Marine → Oceanic → Aphotic Zone	5.51%
Unclassified	Environmental → Aquatic → Marine → Unclassified → Unclassified	0.79%
Unclassified	Environmental → Aquatic → Marine → Hydrothermal Vents → Unclassified	0.79%

Habitat	Taxonomy	Distribution
Marine	Environmental → Aquatic → Marine → Oceanic → Unclassified → Marine	53.54%
Marine	Environmental → Aquatic → Marine → Oceanic → Unclassified → Marine	25.20%
Marine	Environmental → Aquatic → Marine → Oceanic → Photic Zone → Marine	12.60%
Marine	Environmental → Aquatic → Marine → Oceanic → Aphotic Zone → Marine	5.51%
Deep Ocean	Environmental → Aquatic → Marine → Oceanic → Unclassified → Deep Ocean	1.57%
Marine	Environmental → Aquatic → Marine → Unclassified → Unclassified → Marine	0.79%
Hydrothermal Vent Plume	Environmental → Aquatic → Marine → Hydrothermal Vents → Unclassified → Hydrothermal Vent Plume	0.79%

Taxon OID	Sample Name	Habitat Type	IMG/M Link
3300001781	Hydrothermal vent plume microbial communities from the Mid Cayman Rise - Deep Sites	Environmental	Open in IMG/M
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Structure Viewer


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Secondary Structure: α-helix β-sheet Coil Turn	pTM-score: 0.72
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NMPFamsDB

NMPFamsDB

NMPFamsDB

A database of Novel Metagenome Protein Families

A database of Novel Metagenome Protein Clusters

A database of Novel Metagenome Protein Clusters

Metagenome Family F065862

Overview

Multiple Sequence Alignments

Structure & Topology

Predicted Secondary Structure and Topology

Predicted 3D Structure

Structural matches with SCOPe domains

Phylogeny

NCBI Taxonomy

Associated Scaffolds

Environmental Properties

Associated Habitat Types

Associated Samples

Family Sequences

Hidden Markov Model


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