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A database of Novel Metagenome Protein Families

A database of Novel Metagenome Protein Clusters

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Metagenome Family F000064

Metagenome Family F000064

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Overview Alignments Structure & Topology Gene Neighborhood Phylogeny Ecosystems Sequences
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Overview

Basic Information
Family ID F000064
Family Type Metagenome
Number of Sequences 2797
Average Sequence Length 37 residues
Representative Sequence MIYINPLNPELNPICYLLALLGAHHFLHVSRIRVK
Number of Associated Samples 30
Number of Associated Scaffolds 2796

Quality Assessment
Transcriptomic Evidence No
Most common taxonomic group Unclassified
% of genes with valid RBS motifs 36.36 %
% of genes near scaffold ends (potentially truncated) 2.36 %
% of genes from short scaffolds (< 2000 bps) 2.00 %
Associated GOLD sequencing projects 24
AlphaFold2 3D model prediction Yes
3D model pTM-score0.35

Note: High quality evidence is represented by blue. Low quality evidence is represented by red.
Hidden Markov Model
Powered by Skylign

Most Common Taxonomy
Group Unclassified (99.678 % of family members)
NCBI Taxonomy ID N/A
Taxonomy N/A

Most Common Ecosystem
GOLD Ecosystem Host-Associated → Arthropoda → Digestive System → Gut → Unclassified → Termite Gut
(99.785 % of family members)
Environment Ontology (ENVO) Unclassified
(99.928 % of family members)
Earth Microbiome Project Ontology (EMPO) Host-associated → Animal → Animal proximal gut
(99.928 % of family members)



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Multiple Sequence Alignments

Select alignment to view:      


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Structure & Topology

Predicted Secondary Structure and Topology

Predicted Topology & Secondary Structure
Classification: Globular Signal Peptide: No Secondary Structure distribution: α-helix: 34.92%    β-sheet: 0.00%    Coil/Unstructured: 65.08%
Feature Viewer
Powered by Feature Viewer

Predicted 3D Structure

Structure Viewer
Per-residue confidence (pLDDT):
  0-50   51-70   71-90   91-100  
pTM-score: 0.35
Powered by PDBe Molstar

Low Quality Model:

This family has a low confidence model (pTM < 0.7) and has not been screened against SCOPe or PDB.


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Gene Neighborhood

Neighboring Pfam domains

Pfam IDName % Frequency in 2796 Family Scaffolds
PF00078RVT_1 0.21
PF01359Transposase_1 0.07
PF01223Endonuclease_NS 0.07
PF12129PHTF1-2_N 0.07
PF13358DDE_3 0.07
PF12847Methyltransf_18 0.04
PF01434Peptidase_M41 0.04
PF03178CPSF_A 0.04
PF00023Ank 0.04
PF13359DDE_Tnp_4 0.04
PF01401Peptidase_M2 0.04
PF03770IPK 0.04
PF00080Sod_Cu 0.04
PF06151Trehalose_recp 0.04
PF05856ARPC4 0.04
PF04121Nup84_Nup100 0.04
PF00102Y_phosphatase 0.04
PF14676FANCI_S2 0.04
PF04547Anoctamin 0.04
PF03184DDE_1 0.04
PF16172DOCK_N 0.04
PF00625Guanylate_kin 0.04
PF03020LEM 0.04
PF12572DUF3752 0.04
PF00067p450 0.04
PF00324AA_permease 0.04
PF02194PXA 0.04
PF06689zf-C4_ClpX 0.04
PF13465zf-H2C2_2 0.04
PF13374TPR_10 0.04
PF00291PALP 0.04
PF13894zf-C2H2_4 0.04
PF07714PK_Tyr_Ser-Thr 0.04
PF01663Phosphodiest 0.04
PF12259Baculo_F 0.04
PF04218CENP-B_N 0.04
PF10545MADF_DNA_bdg 0.04
PF00089Trypsin 0.04
PF02867Ribonuc_red_lgC 0.04
PF13879Hmw_CFAP97 0.04
PF00046Homeodomain 0.04

Neighboring Clusters of Orthologous Genes (COGs)

COG IDNameFunctional Category % Frequency in 2796 Family Scaffolds
COG0515Serine/threonine protein kinaseSignal transduction mechanisms [T] 0.14
COG1864DNA/RNA endonuclease G, NUC1Nucleotide transport and metabolism [F] 0.07
COG0194Guanylate kinaseNucleotide transport and metabolism [F] 0.04
COG0209Ribonucleotide reductase alpha subunitNucleotide transport and metabolism [F] 0.04
COG0465ATP-dependent Zn proteasesPosttranslational modification, protein turnover, chaperones [O] 0.04
COG0531Serine transporter YbeC, amino acid:H+ symporter familyAmino acid transport and metabolism [E] 0.04
COG0833Amino acid permeaseAmino acid transport and metabolism [E] 0.04
COG1113L-asparagine transporter or related permeaseAmino acid transport and metabolism [E] 0.04
COG1115Na+/alanine symporterAmino acid transport and metabolism [E] 0.04
COG2032Cu/Zn superoxide dismutaseInorganic ion transport and metabolism [P] 0.04
COG2124Cytochrome P450Defense mechanisms [V] 0.04
COG2453Protein-tyrosine phosphataseSignal transduction mechanisms [T] 0.04
COG5599Protein tyrosine phosphataseSignal transduction mechanisms [T] 0.04


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Phylogeny

NCBI Taxonomy

Select NCBI taxonomy Level:
NameRankTaxonomyDistribution
UnclassifiedrootN/A99.68 %
All OrganismsrootAll Organisms0.32 %

Visualization
Powered by ApexCharts

Associated Scaffolds


ScaffoldTaxonomyLengthIMG/M Link
3300001542|JGI20167J15610_10060138Not Available563Open in IMG/M
3300002238|JGI20169J29049_10593583Not Available543Open in IMG/M
3300002238|JGI20169J29049_10595578Not Available544Open in IMG/M
3300002238|JGI20169J29049_10703379Not Available608Open in IMG/M
3300002238|JGI20169J29049_10724809Not Available622Open in IMG/M
3300002238|JGI20169J29049_10730026Not Available625Open in IMG/M
3300002238|JGI20169J29049_10742516Not Available634Open in IMG/M
3300002238|JGI20169J29049_10768571Not Available651Open in IMG/M
3300002238|JGI20169J29049_10787617Not Available665Open in IMG/M
3300002238|JGI20169J29049_10818262All Organisms → cellular organisms → Eukaryota → Opisthokonta → Metazoa → Eumetazoa → Bilateria → Protostomia → Ecdysozoa → Panarthropoda → Arthropoda → Mandibulata → Pancrustacea → Hexapoda → Insecta → Dicondylia → Pterygota → Neoptera → Polyneoptera → Dictyoptera → Blattodea → Blattoidea → Termitoidae → Rhinotermitidae → Coptotermitinae → Coptotermes → Coptotermes formosanus687Open in IMG/M
3300002238|JGI20169J29049_10875001All Organisms → cellular organisms → Eukaryota → Opisthokonta → Metazoa → Eumetazoa → Bilateria → Protostomia → Ecdysozoa → Panarthropoda → Arthropoda → Mandibulata → Pancrustacea → Hexapoda → Insecta → Dicondylia → Pterygota → Neoptera → Polyneoptera → Dictyoptera → Blattodea732Open in IMG/M
3300002238|JGI20169J29049_10890220Not Available745Open in IMG/M
3300002238|JGI20169J29049_11023618Not Available874Open in IMG/M
3300002238|JGI20169J29049_11065024Not Available924Open in IMG/M
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3300002238|JGI20169J29049_11115443Not Available993Open in IMG/M
3300002238|JGI20169J29049_11208527Not Available1161Open in IMG/M
3300002238|JGI20169J29049_11239133Not Available1234Open in IMG/M
3300002238|JGI20169J29049_11273535Not Available1335Open in IMG/M
3300002238|JGI20169J29049_11304293Not Available1449Open in IMG/M
3300002238|JGI20169J29049_11311648All Organisms → cellular organisms → Eukaryota → Opisthokonta → Metazoa → Eumetazoa → Bilateria → Protostomia → Ecdysozoa → Panarthropoda → Arthropoda → Mandibulata → Pancrustacea → Hexapoda → Insecta → Dicondylia → Pterygota → Neoptera → Polyneoptera → Dictyoptera → Blattodea → Blaberoidea → Ectobiidae → Blattellinae → Blattella → Blattella germanica1481Open in IMG/M
3300002238|JGI20169J29049_11330383All Organisms → cellular organisms → Eukaryota → Opisthokonta → Metazoa → Eumetazoa → Bilateria → Protostomia → Ecdysozoa → Panarthropoda → Arthropoda → Mandibulata → Pancrustacea → Hexapoda → Insecta → Dicondylia → Pterygota → Neoptera → Polyneoptera → Dictyoptera → Blattodea → Blattoidea → Termitoidae → Rhinotermitidae → Coptotermitinae → Coptotermes → Coptotermes formosanus1574Open in IMG/M
3300002238|JGI20169J29049_11381540Not Available1975Open in IMG/M
3300002238|JGI20169J29049_11385327Not Available2021Open in IMG/M
3300002238|JGI20169J29049_11390825Not Available2093Open in IMG/M
3300002238|JGI20169J29049_11394245Not Available2144Open in IMG/M
3300002238|JGI20169J29049_11396595Not Available2180Open in IMG/M
3300002238|JGI20169J29049_11401057Not Available2255Open in IMG/M
3300002238|JGI20169J29049_11404530Not Available2323Open in IMG/M
3300002308|JGI20171J29575_11773408Not Available589Open in IMG/M
3300027670|Ga0209423_10010179Not Available2441Open in IMG/M
3300027670|Ga0209423_10043207All Organisms → cellular organisms → Eukaryota → Opisthokonta → Metazoa → Eumetazoa → Bilateria → Protostomia → Ecdysozoa → Panarthropoda → Arthropoda → Mandibulata → Pancrustacea → Hexapoda → Insecta → Dicondylia → Pterygota → Neoptera → Polyneoptera → Dictyoptera → Blattodea1662Open in IMG/M
3300027670|Ga0209423_10086020Not Available1326Open in IMG/M
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3300027670|Ga0209423_10317110All Organisms → cellular organisms → Eukaryota → Opisthokonta → Metazoa → Eumetazoa → Bilateria → Protostomia → Ecdysozoa → Panarthropoda → Arthropoda781Open in IMG/M
3300027670|Ga0209423_10330187All Organisms → cellular organisms → Eukaryota → Opisthokonta → Metazoa → Eumetazoa → Bilateria → Protostomia → Ecdysozoa → Panarthropoda → Arthropoda → Mandibulata → Pancrustacea → Hexapoda → Insecta → Dicondylia → Pterygota → Neoptera → Polyneoptera → Dictyoptera → Blattodea → Blattoidea → Termitoidae → Rhinotermitidae → Coptotermitinae → Coptotermes → Coptotermes formosanus764Open in IMG/M
3300027670|Ga0209423_10541986Not Available552Open in IMG/M
3300027670|Ga0209423_10560295Not Available536Open in IMG/M
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3300027966|Ga0209738_10614623Not Available508Open in IMG/M
3300028325|Ga0268261_10037722All Organisms → cellular organisms → Eukaryota → Opisthokonta → Metazoa → Eumetazoa → Bilateria → Protostomia → Ecdysozoa → Panarthropoda → Arthropoda → Mandibulata → Pancrustacea → Hexapoda → Insecta → Dicondylia → Pterygota → Neoptera → Endopterygota → Coleoptera → Polyphaga → Cucujiformia4039Open in IMG/M
3300028325|Ga0268261_10097767Not Available2607Open in IMG/M
3300028325|Ga0268261_10144444Not Available2159Open in IMG/M
3300028325|Ga0268261_10192299Not Available1865Open in IMG/M
3300028325|Ga0268261_10218094Not Available1740Open in IMG/M
3300028325|Ga0268261_10306217Not Available1408Open in IMG/M
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3300028325|Ga0268261_10357074Not Available1264Open in IMG/M
3300028325|Ga0268261_10386368Not Available1193Open in IMG/M
3300028325|Ga0268261_10408811Not Available1143Open in IMG/M
3300028325|Ga0268261_10461982Not Available1037Open in IMG/M
3300028325|Ga0268261_10547121All Organisms → cellular organisms → Eukaryota → Opisthokonta → Metazoa → Eumetazoa → Bilateria → Protostomia → Ecdysozoa → Panarthropoda → Arthropoda → Mandibulata → Pancrustacea → Hexapoda → Insecta → Dicondylia → Pterygota → Neoptera → Polyneoptera → Dictyoptera → Blattodea → Blattoidea → Termitoidae → Rhinotermitidae → Coptotermitinae → Coptotermes → Coptotermes formosanus892Open in IMG/M
3300028325|Ga0268261_10563683Not Available866Open in IMG/M
3300028325|Ga0268261_10668875Not Available702Open in IMG/M
3300028325|Ga0268261_10708430Not Available643Open in IMG/M
3300028325|Ga0268261_10766147Not Available550Open in IMG/M



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Environmental Properties

Associated Habitat Types

Select Environment Taxonomy Level:
HabitatTaxonomyDistribution
Termite GutHost-Associated → Arthropoda → Digestive System → Gut → Unclassified → Termite Gut99.79%
Tropical Forest SoilEnvironmental → Terrestrial → Soil → Unclassified → Unclassified → Tropical Forest Soil0.07%
Termite GutHost-Associated → Insecta → Digestive System → Unclassified → Unclassified → Termite Gut0.07%
Macrotermes Natalensis Queen GutHost-Associated → Arthropoda → Digestive System → Gut → Unclassified → Macrotermes Natalensis Queen Gut0.04%
Termite GutHost-Associated → Arthropoda → Digestive System → Gut → Proctodeal Segment → Termite Gut0.04%

Visualization
Powered by ApexCharts



Associated Samples

Taxon OIDSample NameHabitat TypeIMG/M Link
2209111004Macrotermes natalensis queen gut microbiomeHost-AssociatedOpen in IMG/M
3300001343Nasutitermes corniger P5 segment gut microbial community from laboratory colony in Florida, USA - Nc150 P5Host-AssociatedOpen in IMG/M
3300001345Nasutitermes corniger P4 segment gut microbial community from laboratory colony in Florida, USA - Nc150 P4Host-AssociatedOpen in IMG/M
3300001466Nasutitermes corniger midgut segment microbial community from laboratory colony in Florida, USA - Nc150MHost-AssociatedOpen in IMG/M
3300001541Nasutitermes corniger P1 segment gut microbial community from laboratory colony in Florida, USA - Nc150 P1Host-AssociatedOpen in IMG/M
3300001542Nasutitermes corniger crop gut microbial community from laboratory colony in Florida, USA - Nc150CHost-AssociatedOpen in IMG/M
3300001544Cubitermes ugandensis P1 segment gut microbial communities from Kakamega Forest, Kenya - Cu122 P1Host-AssociatedOpen in IMG/M
3300002125Cubitermes ugandensis P4 segment gut microbial communities from Kakamega Forest, Kenya - Cu122 P4Host-AssociatedOpen in IMG/M
3300002238Nasutitermes corniger P1 segment gut microbial community from laboratory colony in Florida, USA - Nc150 P1Host-AssociatedOpen in IMG/M
3300002308Nasutitermes corniger P4 segment gut microbial community from laboratory colony in Florida, USA - Nc150 P4Host-AssociatedOpen in IMG/M
3300002462Microcerotermes parvus P4 segment gut microbial communities from Pointe-Noire, Republic of the Congo - Th196 P4Host-AssociatedOpen in IMG/M
3300002501Neocapritermes taracua P1 segment gut microbial communities from Petit-Saut dam, French Guiana - Nt197 P1Host-AssociatedOpen in IMG/M
3300002507Microcerotermes parvus P1 segment gut microbial communities from Pointe-Noire, Republic of the Congo - Mp193P1Host-AssociatedOpen in IMG/M
3300002508Microcerotermes parvus P1 segment gut microbial communities from Pointe-Noire, Republic of the Congo - Th196 P1Host-AssociatedOpen in IMG/M
3300002834Cornitermes sp. P4 segment gut microbial communities from Petit-Saut dam, French Guiana - Co191P4Host-AssociatedOpen in IMG/M
3300005200Nasutitermes gut metagenomeHost-AssociatedOpen in IMG/M
3300006045Neocapritermes taracua P3 segment gut microbial communities from Petit-Saut dam, French Guiana - Nt197 P3Host-AssociatedOpen in IMG/M
3300006226Microcerotermes parvus P3 segment gut microbial communities from Pointe-Noire, Republic of the Congo - Th196 P3Host-AssociatedOpen in IMG/M
3300009784Embiratermes neotenicus P4 segment gut microbial communities from Petit-Saut dam, French Guiana - Emb289 P4Host-AssociatedOpen in IMG/M
3300009826Embiratermes neotenicus P1 segment gut microbial communities from Petit-Saut dam, French Guiana - Emb289 P1Host-AssociatedOpen in IMG/M
3300010043Tropical forest soil microbial communities from Panama - MetaG Plot_26EnvironmentalOpen in IMG/M
3300010049Embiratermes neotenicus P3 segment gut microbial communities from Petit-Saut dam, French Guiana - Emb289 P3Host-AssociatedOpen in IMG/M
3300010369Labiotermes labralis P1 segment gut microbial communities from Petit-Saut dam, French Guiana - Lab288 P1 (version 3)Host-AssociatedOpen in IMG/M
3300010376Tropical forest soil microbial communities from Panama - MetaG Plot_28EnvironmentalOpen in IMG/M
3300010882Labiotermes labralis P4 segment gut microbial communities from Petit-Saut dam, French Guiana - Lab288 P4Host-AssociatedOpen in IMG/M
3300027539Nasutitermes corniger midgut segment microbial community from laboratory colony in Florida, USA - Nc150M (SPAdes)Host-AssociatedOpen in IMG/M
3300027670Nasutitermes corniger crop gut microbial community from laboratory colony in Florida, USA - Nc150C (SPAdes)Host-AssociatedOpen in IMG/M
3300027966Nasutitermes corniger P5 segment gut microbial community from laboratory colony in Florida, USA - Nc150 P5 (SPAdes)Host-AssociatedOpen in IMG/M
3300028325Nasutitermes corniger P1 segment gut microbial community from laboratory colony in Florida, USA - Nc150 P1 (SPAdes)Host-AssociatedOpen in IMG/M
3300028327Nasutitermes corniger P3 segment gut microbial community from laboratory colony in Florida, USA - Nc150 P3 (SPAdes)Host-AssociatedOpen in IMG/M

Geographical Distribution
Zoom:     Powered by OpenStreetMap



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Family Sequences

Protein ID Sample Taxon ID Habitat Sequence
22118217262209111004Macrotermes Natalensis Queen GutMGFLNPLNAELNPIRHLLALVGARHIVQVSRMRVNLKETY
JGI20172J14457_1001577723300001343Termite GutMERVTLNPLNAELNPICYLLALLGAHYFLHVSRIRVKS
JGI20172J14457_1001685913300001343Termite GutMKIIDAKYLNPLNPELNPICYLLALLGAYHFLHVSR
JGI20172J14457_1002122113300001343Termite GutMQTVNCTSVNPLNTELNPICYLLALLGAHHFLHVSRIRVK
JGI20172J14457_1002400223300001343Termite GutMLKFNPLNPELNPICYLLALLGAHHFLHVSRIRVK
JGI20172J14457_1002893513300001343Termite GutVINPLNPELNPICYLLALLGAHRFLYVSRIRVKSLTFR
JGI20172J14457_1003012613300001343Termite GutMADGINTLNAELNPICYLLALLGAHHFLHVSRIRV
JGI20172J14457_1003132123300001343Termite GutMYIGLNPLKPELNPICYLLALLGAHNFLHVSRIRVK
JGI20172J14457_1003405323300001343Termite GutVQYCIRFNPLNPELNPICYLLALLAHHFLHVSRIRVK
JGI20172J14457_1003476413300001343Termite GutVIPIVQCINPLNPELNPICYLLALLAYHFLHVSRIRVK
JGI20172J14457_1004117713300001343Termite GutVEIHIDINPFNPELNPICYLLALLGAHHFLHVSRIRV
JGI20172J14457_1004631223300001343Termite GutMNDTLDEINPLNAELNPICYLLALLAHHFPHVSRI
JGI20172J14457_1004795213300001343Termite GutMGLNSLNAELNPICHLLALLGAHHFLHVGGLRVNL
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